El primitivo Museo Arqueológico de Ibiza y Formentera se ubicaba en la capilla del Salvador y en la sala de la Universidad, las dos del siglo XV. Se creó el año 1907 con la donación al Estado de la colección reunida de la Sociedad Arqueológica Ebusitana. La llamada capilla del Salvador, ya existía en el 1364 pero sin constancia de que perteneciera al gremio de pescadores, ni de su ubicación exacta.
La capilla se adosaba al muro norte de la Universidad; por eso su construcción tiene que ser posterior, y datada en la segunda mitad del siglo XV. Así, la capilla existía en el siglo XIV, o estaba levantada en otro lugar, o va ser eliminada para levantar otra.
El año 1702 las cofradías de San Salvador y San Telmo se reunieron, pero la iglesia de San Telmo era pequeña y era necesario adquirir terreno para ampliarla. Al no tener dinero suficiente, vendieron la capilla a la Universidad. El 1708 se comunicaron las 2 y el balcón de la fachada norte; se tapió la primitiva puerta y se pintó el rosetón, las aristas y las molduras de arenisca de la vuelta. El 1726, se promulgaron los decretos de Nueva Planta en la isla y la Universidad se convirtió en Ayuntamiento. Un siglo después, dejan de ser sede municipal al trasladarse al convento de los dominicos, que con motivo de la desamortización de Mendizábal (1838) se habían expropiado.
El 1907 se realizaron reparaciones en la capilla del Salvador. Según Arturo Pérez-Cabrero, las obras recuperaron elementos arquitectónicos originales y se encontraron alfabias y jarras de paterna de finales del siglo XV y inicios del XVI que aligeraban el peso de la bóveda. Por debajo del pavimento se descubrió una cripta que contenía gran cantidad de restos humanos y un importante conjunto de materiales arqueológicos.
Pérez-Cabrero como responsable de las excavaciones en Ibiza, recogió y documentó los materiales que aparecieron durante los trabajos de reforma.