El primitiu Museu Arqueològic d’Eivissa i Formentera s’ubicava a la capella del Salvador i a la sala de la Universitat, ambdues del segle XV. Es va crear l’any 1907, amb la donació a l’Estat de la col·lecció reunida per la SAE. L’anomenada capella del Salvador, ja existia el 1364 però sense constància de que pertanyés al gremi dels pescadors, ni de la seva ubicació exacta.

La capella s’adossa al mur del costat nord de la Universitat; per això, la seva construcció ha de ser posterior a la d’aquella, datada a la segona meitat del segle XV. Així, la capella existent al segle XIV, o estava aixecada en un altre indret, o va ser eliminada per aixecar la nova.

L’any 1702 les confraries de Sant Salvador i Sant Elm s’uniren, però l’església de Sant Elm era petita i va ser necessari adquirir solars per a l’ampliació. Al no comptar amb fons suficients, es va vendre la capella a la Universitat. El 1708 es varen comunicar ambdues edificacions amb el balcó de la façana nord; es van tapiar la primitiva porta i es varen emblanquinar el rosetó, les arestes i les motllures de pedra arenosa de la volta. El 1726, es varen promulgar els decrets de Nova Planta a l’illa i la Universitat es va convertir en Ajuntament. Un segle després, deixen de ser seu municipal, per mor del trasllat de la institució al convent dels dominics, que, amb motiu de la desamortització de Mendizábal (1838), havia estat expropiat.

El 1907 es varen realitzar reparacions a la capella del Salvador. Segons Artur Pérez-Cabrero, les obres van recuperar els elements arquitectònics originals i es van trobar alfàbies i gerres de Paterna de finals del segle XV i inicis del XVI que alleujaven el pes de la volta. Per sota del paviment, es va descobrir una cripta que contenia gran quantitat de restes humanes i un important conjunt de materials arqueològics.

Pérez-Cabrero, com a responsable de les excavacions a Eivissa, va recollir i documentar els materials que van aparèixer durant els treballs de reforma.