El actual Museo Monográfico del Puig des Molins, es resultado de una larga y azarosa historia, que comienza el 8 de octubre de 1929, durante la visita del Alfonso XIII a Ibiza. Carlos Román, entonces director del Museo Arqueológico, aprovechó su llegada para plantear un ambicioso proyecto para el Puig des Molins. La visita real se saldó con la obtención del visto bueno para que la necrópolis fuese declarada Monumento Histórico Artístico, el compromiso de compra de los terrenos particulares, la cesión de los que pertenecían al Ejército y la construcción de un nuevo edificio destinado a Museo y que acogiera los importantes restos arqueológicos que abarrotaban el pequeño edificio de Dalt Vila, sede del Museo Arqueológico desde 1907. Inmediatamente se inició la redacción de un proyecto que contemplaba el vallado mediante un muro de piedra y un enrejado con un perímetro de 77.500 m².

La proclamación de la República el 14 de abril de 1931, frustró este proyecto. Sin embargo, bajo el régimen republicano, el 3 de junio de 1931 la necrópolis se declaró Monumento Histórico Artístico. Pero, esta Orden Ministerial tenía el inconveniente de no establecer los límites del yacimiento, que no se conocían con exactitud. Esto propició, que en las décadas siguientes la ciudad fuera invadiendo el área de enterramientos, principalmente en la zona baja donde los vestigios arqueológicos eran menos evidentes. Tampoco la Ley del Patrimonio Histórico Artístico de 1933 significó un cambio notable. La visita realizada en 1932 por el Presidente de la República, Niceto Alcalá Zamora, animó a Román a ofrecer gratuitamente una parcela de la finca de can Partit, propiedad de su familia, para edificar el nuevo Museo.

De esta manera se logró el compromiso de construcción del nuevo inmueble, que albergaría las colecciones arqueológicas de Ibiza y Formentera. El proyecto se redactó, se adjudicó en 1935 y llegó a iniciarse en 1936, pero el estallido de la Guerra Civil hizo que la construcción se paralizara. Hasta 1965, no se reiniciaron las obras finalizando lo que hoy es el edificio del museo en 1966.

Sin embargo, pronto se hizo evidente que la nueva construcción no tenía capacidad para cumplir su objetivo. Por ello, se decidió mantener el museo de Dalt Vila como museo general y convertir el nuevo edificio en museo monográfico de la necrópolis del Puig des Molins. El nuevo museo abrió sus puertas en 1966 para acoger la segunda edición de la Bienal de Arte Contemporáneo de Ibiza. En 1968 fue definitivamente inaugurado como Museo Monográfico del Puig des Molins. Desde entonces, el museo ha pasado por múltiples vicisitudes, sufriendo diversas reformas para adaptar su estructura a las crecientes necesidades museográficas de la institución.

El inmueble del Museo del Puig des Molins tras la reforma, además de las salas de exposición permanente, acoge también los despachos administrativos e investigación, la biblioteca, los almacenes y el taller de restauración, además de otros destinados a las actividades divulgativas, como el salón de actos o la sala didáctica.

El 12 de diciembre del 2012, y tras una importante reforma de sus instalaciones, el museo reabrió sus puertas al público.

Al concebir el nuevo Museo, se planteó convertir la visita a la necrópolis del Puig des Molins y su Museo Monográfico en la invitación a un “viaje a la Muerte en la Ibiza Antigua”. Una inmersión en las mentalidades de las sociedades que en la Antigüedad habitaron la ciudad de Ibiza; en sus formas de entender la muerte; en sus creencias, miedos y esperanzas sobre el más allá; y en las conductas funerarias que a partir de aquellas desarrollaron.