L'actual Museu Monogràfic del Puig des Molins, és resultat d'una llarga i atzarosa història, que comença el 8 d'octubre de 1929, durant la visita de l'Alfonso XIII a Eivissa. Carlos Román, aleshores director del Museu Arqueològic, va aprofitar la seva arribada per plantejar un ambiciós projecte per al Puig des Molins. La visita reial es va saldar amb l'obtenció del vistiplau per a que la necròpolis fos declarada Monument Historicoartístic, el compromís de compra de terrenys particulars, la cessió dels quals pertanyien a l'Exèrcit i la construcció d'un nou museu que acollís les importants restes arqueològiques que abarrotaven el petit edifici de Dalt Vila, seu del Museu Arqueològic des de 1907. Immediatament es va iniciar la redacció d'un projecte que contemplava la tanca mitjançant un mur de pedra enreixat d'un perímetre de 77.500 m2.

La proclamació de la República el 14 d'abril de 1931, va frustrar aquest projecte. No obstant això, sota el règim republicà, el 3 de juny de 1931 la necròpoli es va declarar Monument Historicoartístic. Però, aquesta Ordre Ministerial tenia l'inconvenient de no establir els límits del jaciment, que no es coneixien amb exactitud. Això va propiciar, que en les dècades següents la ciutat fos envaint l'àrea d'enterraments, principalment a la zona baixa on els vestigis arqueològics eren menys evidents. Tampoc la Llei del Patrimoni Historicoartístic de 1933 va significar un canvi notable. La visita realitzada el 1932 pel President de la República, Niceto Alcalá Zamora, va animar a Román a oferir gratuïtament una parcel·la de la finca de can Partit, propietat de la seva família, per edificar el nou Museu.

D'aquesta manera es va aconseguir el compromís de construcció del nou immoble, que acolliria les col·leccions arqueològiques d'Eivissa i Formentera. El projecte es va redactar, es va adjudicar i va arribar a iniciar-se, però l'inici de la Guerra Civil va fer que la construcció es paralitzés. Fins el 1965, no es van reiniciar les obres finalitzant el que avui és l'edifici del museu.

No obstant això, aviat es va fer evident que la nova construcció no tenia capacitat per complir el seu objectiu. Per això, es va decidir mantenir el museu de Dalt Vila com a museu general i convertir el nou edifici en museu monogràfic de la necròpolis del Puig des Molins. El nou museu va obrir les seves portes el 1966 per acollir la segona edició de la Biennal d'Art Contemporani d'Eivissa. El 1968 va ser definitivament inaugurat com a Museu Monogràfic del Puig des Molins. Des de llavors, el museu ha passat per múltiples vicissituds, sofrint diverses reformes per adaptar la seva estructura a les creixents necessitats museogràfiques de la institució.

L'immoble del Museu del Puig des Molins, a més de les sales d'exposició permanent, acollia també els despatxos administratius i recerca, la biblioteca, els magatzems i el taller de restauració, i també d'altres destinats a les activitats divulgatives, com el saló d'actes o la sala didàctica.

El 12 de desembre de 2012, i després d'una important reforma de les seves instal·lacions, el museu va reobrir les seves portes al públic.

En concebre el nou Museu, es va plantejar convertir la visita a la necròpolis del Puig des Molins i el seu Museu Monogràfic en la invitació a un “viatge a la mort en l'Eivissa antiga”. Una immersió en les mentalitats de les societats que en l'Antiguitat van habitar la ciutat d'Eivissa; en les seves formes d'entendre la mort; en les seves creences, pors i esperances sobre el més enllà; i en les conductes funeràries que a partir d'aquelles van desenvolupar.